具有对疣体破坏性的药物都能用于尖锐湿疣的治疗。下面介绍几种常用的治疗尖锐湿疣的药物，供读者参考。
(1)5％5-Fu软膏 5-Fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。
(2)30％三氯醋酸 是一种强酸，可用来烧灼疣体，每周用药2次，要注意保护周围皮肤和粘膜。
(3)争光霉素、平阳霉素兑生理盐水，外涂患处，每周用药2～3次。
(4)3％的肽丁胺霜 外搽本药，每日2次，无不良副作用，尚可用于阴道内的尖锐湿疣。力量温和，需长期治疗。
(5)疣脱欣（鬼臼毒素溶液） 为新的高效的治疗尖锐湿疣的药物，无刺激性，外用局部，每日1次，连续3～5天即可。
(6)20％的足叶草酯酊 每周用1～2次。本药有副作用，要注意保护周围皮肤粘膜，涂药2～4小时后洗去。有致畸作用，孕妇禁用。