由于巴氏腺囊肿可以长期存在，多年不变，如果不妨碍日常生活，则可以定期观察，无需治疗。如果囊肿逐渐长大，或反复感染，经常形成脓肿，可行巴氏腺囊肿造口术，既保留了腺体功能，又引流通畅，防止复发。巴氏腺囊肿剥除术由于摘除了腺体，使巴氏腺的功能丧失，故目前多被造口术所代替。